1.行业和地域发展不均衡
目前，电子商务网站就所处的行业分布来看，排在前十名的依次为：纺织服装、数码家电、钢铁机械、建筑建材、农林畜牧、五金工具、化工医药、礼品饰品、包装印刷、食品糖酒。工业行业所占比例较低，消费品行业比例较高。
从地域分布来看，电子商务企业多聚集在经济发达区域，其发展极不平衡。例如，仅浙江省就汇集了全国50%左右的行业电子商务服务商，其中包括阿里，化工网，际通宝等龙头电子商务平台，累计带动10万中小企业参与电子商务。
2.中小企业对电子商务的认知尚浅
随着电子商务的快速发展，电子商务平台企业之间的竞争必随之更为激烈，其产品或服务同质化现象逐渐凸显。同时，消费者的需求却呈现出多样化、个性化、定制化的发展趋势。如果我国电子商务不能很好地与传统工业领域结合，不能与不发达区域包括农村市场有效对接，其发展空间很难有新的突破。
在中国电子商务的市场上，目前存在的最大的问题是中小企业对电子商务的认知程度很低，目前仅有42.6%的中小企业在使用电子商务服务，发展空间很大。虽然在金融危机的影响下，部分中小企业开始逐渐意识到电子商务的好处，并且开始尝试使用电子商务服务，但是目前大部分的中小企业还处在观望状态，对电子商务的认知尚浅。
所以，政府和企业都需要做好市场培育的工作，加大宣传力度，做好企业参与电子商务的意识引导、培育，增强他们对电子商务的信心。作为电子商务企业的“际通宝”，与传统企业开展的合作运营对企业电子商务深度参与具有较高借鉴作用，引导企业从电子商务参与者转向电子商务运营者是个提高认知水平的较好方式。
3.中小企业电子商务人才的缺乏
目前，中国电子商务行业都缺乏具有经验的电子商务人才，尤其是中小企业在吸纳人才方面有很大的阻碍。电子商务的推广方式不同于中小企业原有的传统的模式，中小企业已经习惯了原有的传统的销售模式，在利用电子商务进行推广时需要改变原有的销售模式。所以，电子商务运营商需要帮助中小企业做好人才培养工作。目前像阿里学院、际通宝导学培训已经开始了这方面的培养工作。其中际通宝导学培训工程，计划在2012年培养和孵化超过1000家行业网站和运营专业人才。
4.物流资源整合始终制约电子商务发展
除了急剧增多的网购订单需要处理和递送之外，电商遇到的问题还包括更多的商品需送至相对偏远的地区，以及客户对递送速度和服务质量要求的不断提高。然而，提供可靠的送货服务，却是件说起来容易做起来难的事情。
高品质物流供应商的稀缺，通常导致递送延迟、损坏和丢失、快递员态度差、缓慢的货到付款(COD)流程、低效的退货程序，以及无法提供诸如简单的安装或“试穿”之类的特殊服务。“诸如此类的末端派送和客户支持问题，难免会影响到网商的信誉和品牌形象。”科尔尼(上海)董事颜志伟说。
5.传统行业与电子商务融合度不高
电子商务的快速发展是这两年商业领域最重要的变化，也对传统的商业渠道产生了重要影响，未来这两种商业渠道是融合还是相互竞争，值得业界探讨。不过在可见的将来，两个渠道会按照各自逻辑发展。电子商务覆盖区域广，产品可以无限上架，减少了商铺租金、仓储物流等支出，成本上有一定优势。而传统的线下渠道则可以提供更好的设计、更佳的视觉效果，提升购物体验，增加消费者信心，提升品牌价值等等。竞争显然不是政府想看到的结果，所以大力宣传电子商务要与传统产业融合，但融合方式好像很难拿捏。
电子商务领域的王者——淘宝，曾经高调宣称要建立线下连锁渠道，希望借此来扩展用户基础，吸引更多消费者通过淘宝购物。但是目前为止，淘宝线下渠道进展缓慢。据内部人士消息，实际上淘宝已经放弃了线下拓展计划。而2011年4月际通宝推出以行业天下（www.gtobal.com/hangye/index.html）为产品的行业网站连锁,采用合作经营方式与传统企业龙头企业进行联合，各自贡献自己的优势资源辅导传统企业共建和经营行业网站，然后用统一际通宝品牌进行连锁是个事半功倍快速成长的发展模式。
由此看来，融合发展似乎是当然之选，但这种行业网站连锁经营模式似乎对传统行业的龙头企业更有收益。
6.移动电子商务雷声大雨点小
从技术角度来说，基于传统互联网的电子商务平台搭建是非常简单的，而基于手机平台的移动电子商务平台搭建是很困难的。基于PC的电子商务应用，可以说是基于浏览器的应用。再看基于手机平台的电子商务应用，仅从操作系统来看，就要涉及Andriod、IOS、Symbian等多个手机操作系统平台，更不用说还有终端型号、网络、浏览器等多种因素。短信网址的概念让不少投资者叫苦连天吃尽苦头，到现在也没能发展到应用上来。一些电子商务巨头也都推出了手机平台，例如百度、腾讯、阿里、际通宝、京东等，但相比pc市场用户群基本可以忽略不计。当然也正因于此，充满多元化、差异化和个性化的移动电子商务的发展充满了无限的想象力。
7.诚信是制约电子商务发展的最大瓶颈
据中国电子商务协会副理事长赵银虎
赵银虎表示，电子商务的诚信已经成为公众和企业最关注的问题，但面对诚信危机，公众和企业可采取的自我防范措施十分有限，这在一定程度上会限制用户网上交易的积极性。根据际通宝调查发现，64.2%的公众和71.1%的企业在网上交易时会查看卖方的信用评价。企业信用状况无疑是解决电子商务诚信问题的一个很大因素，但目前我国还没有一个权威公正的信用体系。
8.电子支付市场的规范
际通宝CEO丁国栋表示：支付是电子商务的核心环节。《支付业务许可证》的发放，将赋予支付企业合法地位，促使电子商务交易领域更加规范合理。这次首次发放牌照是我国电子商务发展历程中的具有里程碑意义的大事，下一步希望引导这些获得牌照的企业形成良性竞争，整个电子商务市场获得的助推效应会非常明显。
